YÖK, uygulamalarıyla bilimsel düşüncenin yeşermesini, özgürce tartışılmasını ve gelişmesini engelleyen bir baskı ve denetim aracı olmuştur. Gerçeği arayanı cezalandıran bu yapı, üniversitelerde akademik özgürlüğü değil, otoriteye boyun eğmeyi ve itaati esas almıştır.
YÖK’ün, bilimsel özgürlükten kopuk ve itaat gerektiren bu tutumu Avrupa Üniversiteler Birliği Raporu’nda da yer bulmuştur. Rapora göre Türkiye’deki üniversiteler 35 ülke arasında 35. olarak örgütsel özerklikte son sırada yer alırken, mali özerklikte 31., personel (istihdam) özerkliğinde 26. ve akademik özerklikte 29.  olmuştur. Raporda rektör atamalarının ve görevden almaların doğrudan Cumhurbaşkanı kararı ile gerçekleşmesi durumuna örnek teşkil eden tek ülkenin Türkiye olduğu belirtilmiştir.
AKP iktidarı dönemiyle birlikte üniversitelerimiz tamamen piyasa dinamiklerine teslim edilmiş, bilim ve eğitimin metalaştırıldığı, kadrolaşmanın derinleştiği, üniversite yönetimlerinin otoriterleştirildiği bir döneme girilmiştir. Üniversitelerimiz artık ne bilim yuvası ne de toplumun ilerlemesine katkı sağlayan birer kurumdur. Akademik liyakat, sadakate kurban edilmiştir. Bir tek bilimsel yayını bile olmayan rektörlerin atandığı; ilerici akademisyenlerin baskı, soruşturma ve sürgün tehdidi altında olduğu üniversitelerde, bilimsel özgürlükler giderek yok edilmektedir. 
Vakfı dahi olmayan vakıf üniversiteleri, bir kampüsü dahi olmayan apartman üniversiteleri ise eğitim sistemimizin saygınlığını her geçen gün daha da zedelemektedir. Uluslararası göstergeler, üniversitelerimizin pek çok alanda geriye gittiğini açıkça göstermektedir. Üniversitelerin uluslararası bilimsel başarı sıralaması hakkında bilgi veren URAP 2023-2024 Raporuna göre 2016 yılından beri ilk 500 içinde üniversitesi olmayan Türkiye için durum değişmemiş, ilk 1000 üniversite içinde ise 2016 yılında 18 üniversitemiz yer alırken 2023 yılında yarısı kadar yani 9 üniversitesi sıralamaya girebilmiştir.  
Üniversitelerin bütçesi de gelişmiş ülkelerdeki tek bir üniversitenin bütçesinden daha düşüktür; araştırmalar nitelik ve derinlikten yoksundur; yayınlar performans kaygısıyla yapılmakta, bilimsel gelişime katkı sunamamaktadır. Nitekim Türkiye, bilimsel yayın kalitesi açısından birçok Ortadoğu ülkesinin bile gerisinde yer almaktadır.
Cumhuriyetimizin kurucusu Mustafa Kemal Atatürk, üniversiteleri çağdaş uygarlık seviyesine ulaşmanın temel unsurlarından biri olarak görmekteydi. Üniversitelerimiz, eğitim-öğretim, araştırma ve topluma hizmet işlevleriyle ülkenin ilerlemesine ve kalkınmasına katkı sağlayacak bağımsız kurumlardır. Ancak bunun gerçekleşebilmesi için üniversitelerin bilimsel, yönetsel ve akademik özerkliği tam anlamıyla sağlanmalı, siyasi müdahalelerden korunmalı ve araştırma-geliştirme faaliyetleri desteklenmelidir.
Ülkemizin bilimsel geleceği, aydınlık yarınlarımız için üniversitelerin özerk, demokratik ve özgür yapıya kavuşması elzemdir. 12 Eylül darbesinin mirası olan YÖK kaldırılmalı, üniversiteler siyasi otoritelerden bağımsız, demokratik birer eğitim ve araştırma kurumu olarak yeniden yapılandırılmalıdır.
Eğitim ve bilim adına daha güçlü bir gelecek inşa etme yolunda YÖK'ün 43. yıldönümünde bir kez daha haykırıyoruz: Bilim özgür olmalı, üniversiteler özerk olmalı!

MERKEZ YÖNETİM KURULU

Brunei Hükûmet Bursu Brunei Hükûmet Bursu